Căn cứ Nghị quyết số 1674/NQ-UBTVQH15 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Ninh Bình năm 2025. 
Xã Yên Mô được thành lập trên trên cơ sở sắp xếp  thị trấn Yên Thịnh, xã Khánh Dương và xã Yên Hòa thành Xã mới có tên gọi là Xã Yên Mô.

Xã Yên Mô được thành lập dựa trên cơ sở sáp nhập xã Yên Hoà, xã Khánh Dương và thị trấn Yên Thịnh, là một xã đồng bằng nằm phía Đông Nam tỉnh Ninh Bình, phía Bắc giáp phường Đông Hoa Lư và xã Yên Khánh, phía tây giáp phường Yên Thắng, phía đông giáp xã Yên Từ, phía nam giáp xã Yên Mạc và xã Đồng Thái, có diện tích tự nhiên là 28,6 km2. Toàn xã có 62 đơn vị thôn, xóm gồm 11.002 hộ với 35.415 nhân khẩu.